Il Badia durante la sua latitanza aveva mantenuto costanti rapporti con quelli che preparavano la rivoluzione, il cui scoppio fu ritardato dalle operazioni militari governative, che contribuirono ad esacerbare ancora di più gli animi.
Ai proclami che il Badia diffondeva dalla sua latitanza rispondeva il Perroni Paladini, che usava toni di forte esecrazione nei confronti di borbonici, clericali, renitenti di leva e malviventi, componenti, secondo lui, delle forze rivoluzionarie.
La rivolta scoppiò a Palermo nella notte tra il 15 ed il 16 settembre 1866, quando il Badia, tradito, era già stato arrestato. Le operazioni militari governative che ne avevano preceduto lo scoppio erano state particolarmente energiche, infatti erano stati tratti in arresto nella sola provincia di Palermo 2384 uomini e 180 donne; si era voluto colpire il partito d’azione, che aveva grande ascendente sulle masse, sotto l’apparenza di dirigere le operazioni contro renitenti di leva e malviventi. Il disagio dei siciliani era aggravato dalla crisi economica seguita ad un cattivo raccolto di grano.La rivolta, che da tempo covava, scoppiò non appena fu allontanata da Palermo parte delle truppe per partecipare alla liberazione del Veneto.Protagonisti, come sempre, furono gli artigiani, più pronti a reagire dei contadini abituati ad una vita di soprusi, infatti, quando la rivoluzione fallì, gli arrestati furono quasi tutti artigiani.Gli scopi della rivolta caldeggiata dal Badia erano soprattutto di ordine sociale, miravano, cioè al miglioramento delle condizioni di vita delle classi proletarie, e, quando sorse a Palermo dopo il 1870 una sezione dell’"Internazionale" socialista ad opera di Salvatore Ingegnieros, che diresse il giornale "Il Povero", organo della sezione, egli vi aderì.Le idee socialiste si erano diffuse a Palermo anche tramite Pasquale Calvi, capo della Massoneria, ma il Badia, più che aderire ad un sistema di dottrine, seguiva istintivamente una linea di difesa del popolo sul fronte della giustizia e della libertà ed aveva molta presa sulle masse. Per disporre di maggiori mezzi a sostegno della rivoluzione, il Badia entrò in collusione con il partito borbonico, anche se il Comitato organizzatore della rivoluzione ed il Comitato rivoluzionario, che poi ne prese il posto, erano di indirizzo repubblicano; prevalse, cioè, sulla disparità di indirizzo politico il comune obiettivo antigovernativo.A capo del comitato rivoluzionario fu posto il principe di Linguaglossa, anche se il vero capo era Francesco Bonafede.
La rivolta durò fino al 23 settembre e vide la partecipazione di almeno 15.000 rivoltosi. L’andamento che essa presentò richiama quello di analoghe precedenti rivolte a cui aristocratici e borghesia avevano partecipato per controllarne l’andamento, infatti del Comitato rivoluzionario facevano parte, oltre il principe di Linguaglossa, il barone Riso, il principe Galati, il barone Sutera, il barone S.Vincenzo, il principe di Ramacca, il marchese di S. Giacinto, il marchese di Torrearsa. Quando il governo mandò un corpo di spedizione di 30.000 uomini al comando del gen. Cardona per reprimere la rivolta, aristocratici e borghesi "rivoluzionari" non esitarono a porsi dalla parte del governo, consegnando i capi dell’inserruzione, preoccupati com’erano che potessero verificarsi cambiamenti di ordine economico-sociale. La rivolta fu repressa e il marchese di Rudinì, sindaco di Palermo, in premio della condotta tenuta durante la rivoluzione, fu nominato prefetto della città.
