Il vicerè Gonzaga non fu molto rigoroso con Messina dopo la sua ribellione, ma si limito’ a ricondurre la città allo stesso livello delle altre città reali non privilegiate.
Messina, l’unica città che avrebbe potuto svolgere un ruolo egemone contro la Spagna, fu sopraffatta e ridimensionata, senza che in Sicilia si levasse una voce di solidarietà da parte delle altre città; essa declinò assai rapidamente anche dal punto di vista economico e quello fu un danno per tutta la Sicilia, che in quegli anni accentuava la situazione di disordine e di scarso senso dello stato.
Il duca di Uceda, che divenne vicerè nel trovò il commercio quasi fermo ed il banditismo più che mai vigoroso, nè valsero a ridimensionarlo le misure che egli prese per proibire l’uso delle armi. Il fiscalismo della Spagna continuò ad essere martellante e le richieste venivano facilmente accolte dal parlamento, dal momento che l’aristocrazia che le votava era quella che decideva le modalità di distribuzione tra le classi sociali. Dopo la dura repressione delle ambizioni di Messina nessuna cittàcercò di approfittare della debolezza della Spagna per prendere iniziative politiche volte a conquistare spazi di autonomia.
Nel 1693 un terremoto distrusseNoto e Catania e danneggiò notevolmente Ragusa e Siracusa. La terra si apriva e inghiottiva la gente; in questo frangente peri’ il 5% della popolazione dell’isola e cessò di esistere l’Università di Catania, l’unica rimasta nell’isola dopo la soppressione di quella di Messina.
Alla morte di Carlo II d’Asburgo (1665-1700), che non aveva figli, si estinse il ramo degli Asburgo di Spagna e, per decisione testamentaria del defunto sovrano, Spagna e Sicilia furono trasmesse ad un nipote del re di Francia Luigi XIV, Filippo V di Borbone. La decisione di Carlo II mirava ad assicurare al nuovo sovrano di Spagna l’appoggio della Francia per mantenere uniti i vastissimi domini della corona spagnola, ma nel contempo metteva la Spagna, che nel corso del ‘600 era molto decaduta, alla mercè della Francia, che, invece, rafforzava in modo pericoloso per gli altri stati la sua potenza.
La Sicilia non si oppose al cambiamento, ma vi si oppose una potente coalizione antifrancese composta da Inghilterra, Olanda, Impero ed altri stati minori, che sostenevano la candidatura dell’arciduca Carlo, figlio secondogenito dell’imperatore Leopoldo I d’Asburgo. Si unì a quest’alleanza nel 1703 il duca Vittorio Amedeo II di Savoia, timoroso che l’alleanza Francia-Spagna avrebbe potuto annullare l’indipendenza e l’espansione dello stato sabaudo. La coalizione antifrancese voleva da un lato impedire che la Francia diventasse troppo potente, dall’altro che la Sicilia diventasse l’avamposto francese nel Mediterraneo.
Quando nel 1707 le truppe austriache, raggiunta la Calabria, si preparavano ad invadere la Sicilia, il vicerè decise di utilizzare soldati francesi ed irlandesi per presidiare Palermo. L’aristocrazia accettò, ma le maestranze ed il proletariato urbano, reagendo istintivamente alla mancanza di un governo organizzato, dettero origine ad una sommossa, che li portò, come nel 1647, ad assumere l’amministrazione della città e ad esercitare funzioni di polizia. Per un breve periodo riuscirono a controllare la situazione, ma infine prevalsero l’inesperienza e le divisioni interne, il governo spagnolo riprese in mano la situazione e molti rivoltosi furono giustiziati.
Il vicerè, conscio dell’impossibilità di respingere le truppe austriache per mancanza di mezzi di difesa adeguati, si trasferì nella più fedele Messina, manifestando al re l’impossibilità della difesa, mentre i nemici effettuavano qualche sbarco sulla costa e gli Inglesi bombardavano Messina.
Una circostanza fece mutare il corso degli eventi: la morte nel 1711 di Giuseppe I, imperatore d’Austria, a cui successe il fratello Carlo, che era il pretendente al trono di Spagna sostenuto dalla coalizione. Si profilava il pericolo di un’egemonia asburgica con l’unione di Spagna e Impero, altrettanto pericolosa quanto quella francese.
La guerra si concluse con il trattato di Utrecht del 1713, a cui l’Impero aderì l’anno successivo con il trattato di Rastadt. Filippo V fu riconosciuto re di Spagna, dando, così, inizio al ramo spagnolo della casa di Borbone, ma lui ed i suoi successori furono per sempre esclusi dalla successione al trono di Francia. Carlo d’Asburgo, che era divenuto imperatore con il nome di Carlo VI, ottenne i Paesi Bassi spagnoli, il regno di Napoli, il regno di Sardegna, il ducato di Milano. La Sicilia fu data a Vittorio Amedeo di Savoia, suocero di Filippo V. Finiva, così, la dominazione spagnola in Sicilia, mentre in Italia al predominio spagnolo si sostituiva quello austriaco.
